| Clima |
| O parque situa-se em uma das poucas regiões em que a temperatura média anual varia entre 14° C a 12° C, e com ocorrência de neve anualmente. |
| Relevo |
| Um dos aspectos interessantes do Parque, são suas elevações, com altitudes superiores a 2.000 m acima do nível do mar, como o Morro da Igreja, bastante conhecido e procurado pelos montanhistas. |
| Vegetação |
| Este Parque possui 3 tipos de vegetação: os Campos Gerais, as Matas de Araucárias, localizadas mais comumente nas encostas e nos vales, e a Floresta Pluvial Subtropical que ocupa o fundo dos vales. A espécie dominante nos cenários do Parque é o pinheiro-do-paraná (Araucaria angustifolia). Ocorrem também a jibuia (Ocotea porosa), a canela-sassafrás, a caviúna e o cedro (Cedrela fissilis). |
| Fauna |
| A fauna do Parque Nacional de São Joaquim é pouca variada, em decorrência às suas formações vegetais menos ricas, e principalmente, devido aos efeitos negativos do fogo e da caça ilegal seletiva, implicando em pressão de caça sobre determinadas espécies, principalmente perdizes e codornas. |
|
