O Prevfogo foi estruturado de forma a possuir corpo técnico no Ibama Sede, em Brasília, e nas Superintendências e Gerências do Ibama nos estados. A finalidade dessa descentralização é de garantir maior articulação das ações, permitindo um acompanhamento próximo do que é desenvolvido nas pontas. Foi estabelecida então a Coordenação Estadual, que organiza as atividades desenvolvidas no âmbito do estado. Atualmente, o Prevfogo apresenta Coordenações Estaduais e Regionais implementadas em cada um dos estados e no Distrito Federal. A atuação das Coordenações Estaduais prioriza os problemas particulares de cada região, mas de maneira geral, podemos dizer que seus objetivos refletem o que é preconizado no Regimento Interno do Centro Especializado.

 

No Ibama Sede, o corpo técnico do Prevfogo apresenta divisão de suas frentes de atuação em núcleos técnicos, que concentram os profissionais em atribuições específicas. Desde 2006, o Centro Especializado possui seis núcleos técnicos para desenvolver suas ações: Núcleo de Capacitação e Treinamento, Núcleo de Comunicação e Educação Ambiental, Núcleo de Interagências e Controle de Queimadas, Núcleo de Operações e Combate, Núcleo de Planejamento e Administração e Núcleo de Pesquisa e Monitoramento.

Cada núcleo possui interface com ações das Coordenações Estaduais, de forma a estabelecer ações conjuntas. Assim, o organograma do Centro se dispõe da seguinte forma: