O Ibama tem autonomia administrativa e financeira, sede em Brasília e jurisdição em todo o território nacional, e é administrado por um presidente e por cinco diretores. Sua estrutura organizacional compõe-se de: Presidência; Diretoria de Planejamento, Administração e Logística; Diretoria de Qualidade Ambiental; Diretoria de Licenciamento Ambiental; Diretoria de Proteção Ambiental; Diretoria de Uso Sustentável da Biodiversidade e Florestas; Auditoria; Corregedoria; Procuradoria Federal Especializada; Superintendências; Gerências Executivas; Escritórios Regionais; e Centros Especializados. Veja em detalhe o Regimento Interno vigente (Portaria Nº 341, DE 31 DE AGOSTO DE 2011).